［文献解读］炎性乳腺癌抗HER2治疗过程中的克隆进化

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Clonal Evolutionary Analysis during HER2 Blockade in HER2-Positive Inflammatory Breast Cancer: A Phase II Open-Label Clinical Trial of Afatinib +/- Vinorelbine     PLoS Med IF:13.585

文章概述
1.II期开放式临床试验：HER2阳性炎性乳腺癌患者，阿法替尼单药 vs. 阿法替尼+长春瑞滨，单药治疗前后组织样本前瞻性全外测序；
2.阿法替尼单药治疗临床获益率35%，阿法替尼+长春瑞滨临床获益率20%，所有患者均存在治疗相关不良反应；
" M3 i6 ]8 y0 |2 g+ i3.与非炎性乳腺癌相比，炎性乳腺癌基因突变率升高（TP53），新抗原增加；
1 |6 x" _6 J; V& j) p6 E' G$ t4.治疗前后组织样本基因组变异结构具有一定稳定性，单药治疗前后克隆进化存在两种模式： branched evolution，shifting clonal structure
) \/ [4 t) x, I* ]0 ?. g+ }文章亮点
, ]+ F) L  _+ S1.着眼于乳腺癌中恶性程度较高、已知信息较少的炎性乳腺癌（IBC）进行研究，一定程度上分析了非炎性乳腺癌（NIBC）与IBC之间的差异；
4 S6 ^0 j3 `- Z  T' x" n: e2.EGFR、HER2双靶点抑制剂阿法替尼跨适应症应用探索；
5 T) O' a! N( u" N( @3.临床试验+基因组分析，结合临床信息从分子水平解析IBC特征；
4.治疗前后节点取样，探究IBC阿法替尼单药治疗前后克隆进化过程
% E4 @; O- T4 Z. D1 O1.研究背景
& _6 I3 G; @8 Q- f1.IBC是一种发病年龄小、高侵袭性、不良预后、高转移性的乳腺癌亚型，总体发病率约占乳腺癌的1~6%；
# R% n: D8 v# W% G7 ]; f2.前期报道中，IBC突变频谱与NIBC相比有所不同，但整体景观仍未可知；
( H( }* d; F4 c6 A3.一些临床试验中，已有证据表明阿法替尼能使转移性乳腺癌患者获益（BIBW 2992，LUX-Breast 1）。
' m' a/ T) A+ l9 W: e2. 试验设计
6 K$ j0 e# C9 ?3 |; a9 l研究流程
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' n2 I, ]( |$ M0 W1.26名患者接受阿法替尼单药治疗（Part A）；疾病进展后，10名患者接受阿法替尼+长春瑞滨联合治疗（Part B）
' f! c9 y, m4 X: g2.22名患者拥有治疗前组织样本，13名患者拥有治疗前后匹配组织样本
- r* l  b7 ~$ v3 Q' l# O. K3. 试验结果分析
患者临床获益比较
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1.单药治疗临床获益率35%，PFS中值110.5 days；26名患者中有7名接受过曲妥珠单抗治疗，在接受与未接受群体中阿法替尼临床获益率分别为0%（0/7）、47%（9/19），PFS中值分别为64 days、151 days
2.联合治疗临床获益率20%，PFS中值106.0 days；10名患者中有4名接受过曲妥珠单抗治疗，在接受与未接受群体中阿法替尼临床获益率分别为50%（2/4）、0%（0/6）
+ i, U% v! P+ ~* q& a$ E! N不良反应汇总

( [1 i- G1 H% T, ?6 X1.无论是单药治疗还是联合治疗，不良反应率均达到100%
$ p; `0 a5 |' u9 H2 Q& }& Z2.3级以上不良反应率偏高（38%、70%）
3.单药治疗过程中，最常见不良反应及3级以上均为腹泻；联合治疗过程中，最常见不良反应为中性粒细胞减少及腹泻，最常见3级以上不良反应为中性粒细胞减少
4. HER2阳性IBC突变频谱分析
, t5 S4 V( a$ X$ e6 j% ^22名患者疗前样本突变频谱分析

1.平均突变数：134.5（30–468），最常见突变基因为TP53（86.4% ，19/22）
2.PI3K/AKT/mTOR通路相关基因突变率较高
! D$ G" [; H8 F. L3.ERBB2扩增率并非100%，可能由于肿瘤异质性或正常组织污染造成

1.GISTIC分析确定了HER2阳性IBC患者染色体上4个常见扩增区域，及12个常见缺失区域
1 |$ R. ^0 B2 }6 M8 S; b) V2.与NIBC相比，IBC非同义突变率上升，新抗原增加，TP53突变率上升
" t" h, b' `$ J3 E3 w5. 治疗过程中的克隆进化分析
13对配对组织样本基因组分析

1.疗后13组织样本平均突变数181.4 （50–505），其中79.1% ± 12.0%突变与疗前配对样本共有
1 l% F; C1 g3 u4 k9 K8 A/ Y, Q2.治疗前后拷贝数变化也具有很强的一致性；分级群聚结果显示，肿瘤组织样本通过患者来源而并非治疗状态聚合
9 I; L! y! ]" a6 h, v两种克隆进化模式
1 X! c0 f$ @: I" F4 S% ]4 B3 x1 R
: I' C2 F0 {- h4 e: L9 mT1：疗前节点样本   T2：疗后节点样本     CCF：cancer cell fraction     Clonal cluster:：T1、T2 CCF均接近1.0的肿瘤细胞克隆群（图中数字1代表，其余均为Subclonal cluster）
1.除主克隆外，亚克隆分别为两节点组织特有
2.主克隆、亚克隆均为两节点组织共有，仅CCF在治疗过程中有升高或降低
6. 讨论
1.阿法替尼单药或联合长春瑞滨均能使HER2阳性IBC患者获益
2.HER2阳性IBC具有更高的突变及新抗原负荷，与NIBC相比，TP53突变率偏高是其显著的突变频谱特征
3.该研究中，治疗前后配对组织基因组分析没有发现突出的耐药性克隆，表观遗传学及微环境可能是IBC耐药性研究的未来方向
转自吉因加科技微信订阅号
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